Konfederacja Niezależnych Systemów, znana również jako Sojusz Separatystów, Rząd Separatystyczny i powszechnie określana jako Separatyści, była galaktycznym demokratycznym i konfederackim rządem, który istniał podczas Wojen Klonów. Oprócz tajnego wsparcia kilku mega korporacji, w tym Federacji Handlowej, Unii Technokratycznej, Klanu Bankowego, Sojuszu Korporacyjnego czy Gildii Handlu, Konfederacja została utworzona przez tysiące systemów gwiezdnych, które były niezadowolone z powodu nadmiernego opodatkowania i korupcji w Senacie Galaktycznym i zaniedbywaniem obywateli na zewnętrznych rubieżach. Ruch separatystyczny, który rozpoczął się w 24 BBY, doprowadziłby do kryzysu politycznego, w którym narastały napięcia między nowo utworzonym sojuszem, a panującą Republiką Galaktyczną. W 22 BBY doszło do wojny między Separatystami, a Republiką Galaktyczną na planecie Geonosis. Separatyści na wojnie głównie używali armii droidów. Podczas konfliktu Konfederacja zaplanowała dziesiątki projektów super broni, okrętów i droidów by obalić Republikę.
Przez trzy następne lata Separatyści toczyli wojnę z Repubiką, starając się przy tym doprowadzić ją do upadku. Separatyści nie byli świadomi tego, że są manipulowani przez Dartha Sidiousa, który za pomocą Hrabiego Dooku rządził Konfederacją przy czym sabotując działania. Pod koniec wojny Konfederacja poniosło sporo porażek na Zewnętrznych Rubieżach. Po zabiciu Hrabiego Dooku, Grievous stał się głównym przywódcą Separatystów przy czym dostał rozkaz żeby wysłać Radę Separatystów na planetę Mustafar, gdzie został wsyłany po śmierci Grievousa Darth Vader przy czym wyłączając armię droidów. Po tych wydarzeniach resztki Separatystów nadal walczyły na terenach zewnętrznych rubieży aż do interwencji Imperium Galaktycznego, które wyeliminowało większość resztek. Planety, które sprzeciwiały się przed Imperium przynajmniej 5 lat po jego powstaniu to Mustafar, Geonosis, Agamar, Lola Sayu czy Pendaxa. Ważnymi planetami, które się sprzeciwili to byli mieszkańscy planety Umbary, którzy po przybyciu Imperium zrealizowali przynajmniej 2 powstania, w których użyli nieaktywnych droidów separatystów.